RecBCD
| Eksodezoksiribonukleaza V | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||
| EC broj | 3.1.11.5 | ||||||||
| CAS broj | 37350-26-8 | ||||||||
| IntEnz | IntEnz view | ||||||||
| BRENDA | BRENDA entry | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme view | ||||||||
| KEGG | KEGG entry | ||||||||
| MetaCyc | metabolic pathway | ||||||||
| PRIAM | profile | ||||||||
| PDB | RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum | ||||||||
| |||||||||
RecBCD (EC 3.1.11.5, Escherichia coli eksonukleaza V, E. coli eksonukleaza V, gen recBC endoenzim, RecBC dezoksiribonukleaza, gen recBC DNaza, eksonukleaza V, gen recBCD enzimi) je enzim E. coli bakterije koji inicira rekombinantnu popravku potencijalno letalnog prekida dvolančane DNK koji može da bude posledica izlaganju jonizirajućoj radijaciji, replikacionih grešaka, endonukleaza, oksidativnog oštećenja, i niza drugih faktora.[2] RecBCD enzim je helikaza koja odvija, ili razdvaja DNK lance, kao i nukleaza koja preseca jednolančanu DNK.[1] Ovaj enzim katalizuje sledeću hemijsku reakciju
- Eksonukleolitičko razlaganje (u prisustvu ATP) u bilo 5'- ka 3'- ili 3'- ka 5'- smeru čime se formiraju 5'-fosfooligonukleotidi
Struktura
Enzimski kompleks se sastoji od tri različite podjedinice: RecB, RecC, i RecD i stoga se kompleks naziva RecBCD. Pre otkrića recD gena,[3] ovaj enzim je bio poznat kao RecBC. Svaka podjedinica je kodirana zasebnim genom:
| gen | lanac | protein | funkcija |
|---|---|---|---|
| RecB | beta | P08394 | 3'-5' helikaza, nukleaza |
| RecC | gama | P07648 | prepoznaje Chi (engl. Crossover Hotspot Instigator) |
| RecD | alfa | P04993 | 5'-3' helikaza |
Reference
- ↑ 1,0 1,1 Singleton MR, Dillingham MS, Gaudier M, Kowalczykowski SC, Wigley DB (November 2004). „Crystal structure of RecBCD enzyme reveals a machine for processing DNA breaks”. Nature 432 (7014): 187–93. DOI:10.1038/nature02988. PMID 15538360.
- ↑ Spies M, Kowalczykowski SC (2003). „Homologous recombination by RecBCD and RecF pathways”. u: Higgins P. Bacterial Chromosomes. Washington, D.C: ASM Press. str. 389–403. ISBN 1-55581-232-5.
- ↑ Amundsen SK, Taylor AF, Chaudhury AM, Smith GR (August 1986). „recD: the gene for an essential third subunit of exonuclease V.”. Proc Natl Acad Sci U S A. 83 (15): 5558–62. DOI:10.1073/pnas.83.15.5558. PMC 386327. PMID 3526335.
Literatura
- Nicholas C. Price, Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third izd.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X.
- Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 izd.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036.
- Branden C, Tooze J.. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN: 0-8153-2305-0.
- Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 izd.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097.
- Robert A. Copeland (2013). Evaluation of Enzyme Inhibitors in Drug Discovery: A Guide for Medicinal Chemists and Pharmacologists (2nd izd.). Wiley-Interscience. ISBN 111848813X.
- Gerhard Michal, Dietmar Schomburg (2012). Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology (2nd izd.). Wiley. ISBN 0470146842.
Spoljašnje veze
- p
- r
- u
Holinesteraza (Acetilholinesteraza, Butirilholinesteraza) • Pektinesteraza • 6-fosfoglukonolaktonaza • PAF acetilhidrolaza
Lipaza (Zavisna od žučnih soli, Gastrična/Lingvalna, Pankreasna, Lizozomalna, Hormon-sensitivna, Endotelna, Hepatička, Lipoproteinska, Monoacilglicerolna, Diacilglicerolna)
Fosfolipaza (A1, A2, B)Tioesteraza palmitoil proteina • Ubikvitin karboksilni-terminal hidrolaza L1
Alkalna fosfataza (ALPI, ALPL, ALPP) • Kiselinska fosfataza (Prostatična)/Tartrat-otporna kiselinska fosfataza/Fosfataze purpurne kiseline • Nukleotidaza • Glukoza 6-fosfataza • Fruktoza 1,6-bisfosfataza •
Kalcineurin • Fosfoproteinska fosfataza (PP2A) • OCRL • Piruvat dehidrogenazna fosfataza • Fruktoza 6-P,2-kinaza:fruktoza 2,6-bisfosfataza •PTEN • Fitaza • Inozitol-fosfat fosfataza (IMPA1)
Autotaksin • Fosfolipaza (C, D) • Sfingomijelin fosfodiesteraza (1) • PDE1 • PDE2 • PDE3 • PDE4A/PDE4B • PDE5 • Lecitinaza (Clostridium perfringens alfa toksin) • Fosfodiesteraza cikličnih nukleotida
arilsulfataza (Arilsulfataza A, Arilsulfataza B, Arilsulfataza E, Steroidna sulfataza) • Galaktozamine-6 sulfataza • Iduronat-2-sulfataza • N-acetilglukosamin-6-sulfataza
deoksiribonukleazu i
ribonukleazu)
3.1.11-16: Eksonukleaza |
| ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
3.1.21-31: Endonukleaza |
|
B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6
