KDM3B |
---|
|
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | KDM3B, 5qNCA, C5orf7, JMJD1B, NET22, lysine demethylase 3B, DIJOS |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 609373 MGI: 1923356 HomoloGene: 41145 GeneCards: KDM3B |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • oxidoreductase activity • antioxidant activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • chromatin DNA binding • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity |
---|
Клітинна компонента | • Хроматин • клітинне ядро • нуклеоплазма |
---|
Біологічний процес | • cellular oxidant detoxification • response to cisplatin • transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • histone H3-K9 demethylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/59/PBB_GE_JMJD1B_201643_x_at_fs.png/250px-PBB_GE_JMJD1B_201643_x_at_fs.png)
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3c/PBB_GE_JMJD1B_210878_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_JMJD1B_210878_s_at_fs.png) |
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 5: 138.35 – 138.44 Mb | Хр. 18: 34.91 – 34.97 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
KDM3B (англ. Lysine demethylase 3B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 761 амінокислот, а молекулярна маса — 191 581[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MADAAASPVG | | KRLLLLFADT | | AASASASAPA | | AAAASGDPGP | | ALRTRAWRAG |
TVRAMSGAVP | | QDLAIFVEFD | | GCNWKQHSWV | | KVHAEEVIVL | | LLEGSLVWAP |
REDPVLLQGI | | RVSIAQWPAL | | TFTPLVDKLG | | LGSVVPVEYL | | LDRELRFLSD |
ANGLHLFQMG | | TDSQNQILLE | | HAALRETVNA | | LISDQKLQEI | | FSRGPYSVQG |
HRVKIYQPEG | | EEGWLYGVVS | | HQDSITRLME | | VSVTESGEIK | | SVDPRLIHVM |
LMDNSAPQSE | | GGTLKAVKSS | | KGKKKRESIE | | GKDGRRRKSA | | SDSGCDPASK |
KLKGDRGEVD | | SNGSDGGEAS | | RGPWKGGNAS | | GEPGLDQRAK | | QPPSTFVPQI |
NRNIRFATYT | | KENGRTLVVQ | | DEPVGGDTPA | | SFTPYSTATG | | QTPLAPEVGG |
AENKEAGKTL | | EQVGQGIVAS | | AAVVTTASST | | PNTVRISDTG | | LAAGTVPEKQ |
KGSRSQASGE | | NSRNSILASS | | GFGAPLPSSS | | QPLTFGSGRS | | QSNGVLATEN |
KPLGFSFGCS | | SAQEAQKDTD | | LSKNLFFQCM | | SQTLPTSNYF | | TTVSESLADD |
SSSRDSFKQS | | LESLSSGLCK | | GRSVLGTDTK | | PGSKAGSSVD | | RKVPAESMPT |
LTPAFPRSLL | | NARTPENHEN | | LFLQPPKLSR | | EEPSNPFLAF | | VEKVEHSPFS |
SFASQASGSS | | SSATTVTSKV | | APSWPESHSS | | ADSASLAKKK | | PLFITTDSSK |
LVSGVLGSAL | | TSGGPSLSAM | | GNGRSSSPTS | | SLTQPIEMPT | | LSSSPTEERP |
TVGPGQQDNP | | LLKTFSNVFG | | RHSGGFLSSP | | ADFSQENKAP | | FEAVKRFSLD |
ERSLACRQDS | | DSSTNSDLSD | | LSDSEEQLQA | | KTGLKGIPEH | | LMGKLGPNGE |
RSAELLLGKS | | KGKQAPKGRP | | RTAPLKVGQS | | VLKDVSKVKK | | LKQSGEPFLQ |
DGSCINVAPH | | LHKCRECRLE | | RYRKFKEQEQ | | DDSTVACRFF | | HFRRLIFTRK |
GVLRVEGFLS | | PQQSDPDAMN | | LWIPSSSLAE | | GIDLETSKYI | | LANVGDQFCQ |
LVMSEKEAMM | | MVEPHQKVAW | | KRAVRGVREM | | CDVCETTLFN | | IHWVCRKCGF |
GVCLDCYRLR | | KSRPRSETEE | | MGDEEVFSWL | | KCAKGQSHEP | | ENLMPTQIIP |
GTALYNIGDM | | VHAARGKWGI | | KANCPCISRQ | | NKSVLRPAVT | | NGMSQLPSIN |
PSASSGNETT | | FSGGGGPAPV | | TTPEPDHVPK | | ADSTDIRSEE | | PLKTDSSASN |
SNSELKAIRP | | PCPDTAPPSS | | ALHWLADLAT | | QKAKEETKEA | | GSLRSVLNKE |
SHSPFGLDSF | | NSTAKVSPLT | | PKLFNSLLLG | | PTASNNKTEG | | SSLRDLLHSG |
PGKLPQTPLD | | TGIPFPPVFS | | TSSAGVKSKA | | SLPNFLDHII | | ASVVENKKTS |
DASKRACNLT | | DTQKEVKEMV | | MGLNVLDPHT | | SHSWLCDGRL | | LCLHDPSNKN |
NWKIFRECWK | | QGQPVLVSGV | | HKKLKSELWK | | PEAFSQEFGD | | QDVDLVNCRN |
CAIISDVKVR | | DFWDGFEIIC | | KRLRSEDGQP | | MVLKLKDWPP | | GEDFRDMMPT |
RFEDLMENLP | | LPEYTKRDGR | | LNLASRLPSY | | FVRPDLGPKM | | YNAYGLITAE |
DRRVGTTNLH | | LDVSDAVNVM | | VYVGIPIGEG | | AHDEEVLKTI | | DEGDADEVTK |
QRIHDGKEKP | | GALWHIYAAK | | DAEKIRELLR | | KVGEEQGQEN | | PPDHDPIHDQ |
SWYLDQTLRK | | RLYEEYGVQG | | WAIVQFLGDA | | VFIPAGAPHQ | | VHNLYSCIKV |
AEDFVSPEHV | | KHCFRLTQEF | | RHLSNTHTNH | | EDKLQVKNII | | YHAVKDAVGT |
LKAHESKLAR | | S |
Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:1337 (англ.) . Процитовано 5 вересня 2017.
- ↑ UniProt, Q7LBC6 (англ.) . Архів оригіналу за 11 жовтня 2016. Процитовано 5 вересня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
|
---|
| (1) Основні домени |
---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
| (1.4) NF-1 | |
---|
| (1.5) RF-X | |
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
| | (2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
| підродина 2 | |
---|
| підродина 3 | - Стероїдні гормони
- Естроген-зв'язувальні
|
---|
| підродина 4 | |
---|
| підродина 5 | |
---|
| підродина 6 | |
---|
| підродина 0 | |
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
| (2.6) WRKY | |
---|
|
| | (3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
| (3.1) Гомеобокс | |
---|
| (3.2) Парний бокс | |
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
| | (4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
| (4.1) RHR | |
---|
| (4.2) STAT | |
---|
| (4.3) p53 | |
---|
| (4.4) MADS | |
---|
| (4.6) TATA | |
---|
| (4.7) Високомобільна група | |
---|
| (4.9) Grainyhead | |
---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
---|
| (4.11) Runt | |
---|
|
| | (0) Інші фактори транскрипції |
---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
---|
| (0.3) Pocket домен | |
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
| (0.6) Інші | |
---|
|
|
|